La Sociedad nació el 15 de febrero de 1.969, con el nombre de Asociación Española de Endoscopia Digestiva, como una filial de la Sociedad Española de Patología Digestiva (SEPD). La Asociación, presidida por el Dr. Francisco Vilardell, se centró en dos temas de gran importancia en el momento: las complicaciones de la endoscopia y el diagnóstico del hepatocarcinoma. Los Doctores Gándara Mazpule, Sánchez San Julián y Zaragosí Moliner formaron parte de la Junta de Gobierno como Videpresidentes, junto al Dr. Martí Vicente (Secretario), Dr. Díaz Hevia (Vicesecretario), Dr. Hernández Guío (Tesorero) y los Doctores Cabré Fiol, Gilmas, Ruiz Ochoa y Amo Galán (Vocales).

Durante la década siguiente comenzó el desarrollo de la Endoscopia Digestiva en España. En 1974, durante el III Congreso Internacional de Endosopia celebrado en México, los doctores Armengol Miró (Hospital de La Vall d’ Hebron en Barcelona), Miño Fugarolas (Hospital Reina Sofia de Córdoba) y Ramírez Armengol (Hospital Clínico San Carlos de Madrid) presentaron un estudio multicéntrico español sobre el diagnóstico endoscópico de la hemorragia digestiva aguda.

La Asociación Española de Endoscopia Digestiva tuvo, siendo su presidente el Dr. Martí Vicente (Hospital Clínic de Barcelona), un papel destacado en el Congreso Mundial de Gastroenterología que se celebró en Madrid en el año 1978.
La primera Jornada (de la entonces Asociación Española de Endoscopia Digestiva, AEED) se celebró en Barcelona en el año 1.979.  Durante los primeros años la cifra de convocados no superaba la centena, siempre bajo el patrocinio de los Laboratorios SKF y con la inestimable colaboración de D. Julio Avellano, responsable de marketing del laboratorio. Medical Europa, representante de Olympus Europa, llevó la secretaría técnica durante muchos años, encabezada por el siempre recordado Sr. Cabané.

Esta Jornada Nacional se ha celebrado anualmente desde 1.979 hasta nuestros días, aunque en su XXXVIII edición, celebrada en Valencia en 2016 pasó a ser denominada Congreso, por su amplio programa científico y la gran participación de especialistas y residentes, alcanzando los 600 asistentes.

La evolución de la endoscopia en nuestro país puede seguirse a la vista de los carteles que anuncian el encuentro: en las primeras Jornadas estudiando el estómago, después el colon y finalmente el intestino delgado.

La Junta directiva ha estado presidida a lo largo de estos años por eminentes profesionales, además del reseñado Dr. Vilardell (Hospital de la Santa Creu i San Pau, Barcelona), los Dres. Gándara Mazpule, Martí-Vicente (Hospital Clínic, Barcelona), González Campos (Fundación Jiménez Díaz, Madrid), Armengol Miró (Hospital la Vall d’Hebron, Barcelona), Ramírez Armengol (Hospital Clínico San Carlos, Madrid), Vázquez Iglesias (Hospital Juan Canalejo, Coruña), Velloso Jiménez (Hospital Virgen del Rocío, Sevilla), Bordas Alsina (Hospital Clínic, Barcelona), Tejedo Grafía (Hospital Clínico de Zaragoza), Montero Vázquez (Hospital Militar Gómez Ulla), Pou Fernández (Hospital General de Catalunya, San Cugat del Vallés, Barcelona), Muñoz Navas (Clínica Universitaria de Navarra, Pamplona), Martínez Alcalá (Clínica Santa Isabel, Sevilla),  Brullet Benedi (Corporaciò Sanitaria Parc Taulí, Sabadell), Vázquez Sequeiros (Hospital Ramón y Cajal, Madrid), López Rosés (Hospital Lucus Augusti, Lugo) y González-Huix (Clínica Girona). Actualmente, la Junta Directiva está encabezada por el Dr. Pérez Miranda (Hospital Río Hortega, Valladolid).

La Secretaría técnica ha corrido a cargo de varias empresas del sector, entre las que cabe citar a Edimsa y al responsable de la misma, D. Carlos Giménez Antolín, así como a Dña. Ana Rubio, de la Sociedad Española de Aparato Digestivo, dada la relación inicial entre ambas instituciones. En 2012 la Junta directiva decidió encargar la Secretaría técnica a Grupo Pacífico, organizando esta empresa por primera vez las Jornadas en el año 2013. 

Desde sus inicios, este encuentro anual ha contado con un reconocido prestigio entre todos los endoscopistas españoles, así como de los vecinos portugueses, y cada vez cobra mayor importancia a nivel europeo e internacional.

La Sociedad se abre actualmente a las distintas sociedades científicas relacionadas con la Gastroenterología y la Endoscopia Digestiva. Mantiene relaciones fundamentalmente con las dos sociedades nacionales que representan a los gastroenterólogos, la Asociación Española de Gastroenterología y la Sociedad Española de Patología Digestiva, participando en sus congresos activamente y realizando actividades científicas conjuntas. 

En el ámbito internacional, además de los cursos con la American Society for Gastrointestinal Endoscopy (ASGE), la SEED ha iniciado una relación activa con la European Society for Gastrointestinal Endoscopy (ESGE), que incluye la publicación de los trabajos presentados en su Congreso Nacional en la revista Endoscopy.

La Revista Española de Enfermedades Digestivas (REED) es el órgano de expresión de la Sociedad y distintos miembros de ésta participan en sus órganos de dirección.  

La Fundación de la Sociedad Española de Endoscopia Digestiva (FSEED), así denominada desde el año 2.010, tiene como directrices la colaboración en la formación de los profesionales que pertenecen a la Sociedad, al resto de profesionales interesados en la Endoscopia y el desarrollo de programas destinados a la población general con objeto de mejorar su educación sanitaria y sus niveles de salud.

Así, la actuación de FSEED permite la puesta en marcha de diferentes cursos relacionados con Sedación en Endoscopia, Jornadas de Ultrasonografía Endoscópica, Cursos de residentes, y un largo etcétera. Desde su creación, FSEED ha hecho una apuesta decidida por la investigación en endoscopia digestiva. Prueba de ello son las becas anuales que se conceden de manera ininterrumpida desde el año 2013, que están empezando a dar sus frutos y facilitan el posicionamiento de endoscopistas españoles como referentes del sector.